Năm 1973 theo chủ trương của Đảng và Nhà nước, ngành Địa chất đưa một số đơn vị vào hoạt động ở vùng giải phóng miền Nam. Đoàn Địa chất thủy văn B3 được thành lập tại Yên Viên - Hà Nội tháng 10 năm 1973 với nhiệm vụ chuẩn bị củng cố tổ chức để vào chiến trường Tây Nguyên (B3).

Ngày 8/3/1974 Đoàn Địa chất thủy văn B3, gồm: có 7 kĩ sư và 9 công nhân lên đường vào Tây Nguyên, Ngày 28/4/1974 đoàn đến Tây Nguyên và đóng quân ở PleiKần (Kon Tum);  

Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, tháng 6 năm 1975 Đoàn Địa chất thủy văn B3 tiếp nhận thêm đoàn thứ 2 của Tổng cục Địa chất vào (do đ/c Trần Tạo, trưởng đoàn) gồm 20 cán bộ CNV và Đoàn của  Bộ Nông nghiệp (do đồng chí Trần Luận phụ trách) có 8 đồng chí.

Tháng 8 năm 1975 Đoàn Đoàn Địa chất thủy văn B3 được quyết định đổi tên thành Đoàn Địa chất 66 Tây Nguyên. Đến tháng 11 năm 1975 Tổng cục Địa chất đề nghị và Chính phủ ra Quyết định số 207/CP ngày 22/11/1975 thành lập Liên đoàn Địa chất thủy văn miền Nam trên cơ sở Đoàn Địa chất 66 Tây Nguyên; đó chính là tổ chức tiền thân của Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Trung ngày nay.

 Năm 1997, tại quyết định số 891/QĐ  - TCCB  ngày 20 tháng 6 năm 1997 của Bộ Công nghiệp, Liên đoàn được đổi tên là Liên đoàn Địa chất thủy văn - Địa chất công trình miền Trung, địa bàn hoạt động gồm: Tây Nguyên và các tỉnh ven biển duyên hải Nam Trung bộ (từ Đà Nẵng đến Bình Thuận);  

Năm 2008, do nhu cầu đẩy mạnh hơn nữa công tác quy hoạch, điều tra, kiểm kê tài nguyên nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã ban hành quyết định số 1233/QĐ - BTNMT ngày 12/6/2008 đổi tên Liên đoàn Địa chất thủy văn - Địa chất công trình miền Trung thành Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước miền Trung.