1. Triển khai các ứng dụng kỹ thuật, công nghệ lập nhiệm vụ và xây dựng đề án quy hoạch tài nguyên nước các lưu vực sông liên tỉnh, nguồn nước liên tỉnh.
2. Triển khai các ứng dụng kỹ thuật, công nghệ điều tra cơ bản tài nguyên nước; kiểm kê tài nguyên nước; điều tra hiện trạng khai thác, sử dụng tài nguyên nước; xác định và xây dựng hành lang bảo vệ các nguồn nước; đánh giá khả năng tự bảo vệ các tầng chứa nước.
3. Điều tra, khảo sát và thăm dò khoáng sản, nước khoáng, nước nóng; khảo sát địa chất công trình, địa kĩ thuật; khảo sát địa vật lí; đo đạc bản đồ địa hình, bản đồ địa chính và lập hồ sơ cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; điều tra xả thải; đánh giá tác động môi trường; điều tra trám lấp lỗ khoan; đánh giá tác động của biến đổi khí hậu và nước biển dâng đến tài nguyên nước.
4. Quản lý nhân lực và trang thiết bị, máy móc, hóa chất, dụng cụ, vật tư, vật liệu của Trung tâm.
5. Thực hiện các dịch vụ tư vấn: thiết kế, khai thác, giám sát, thẩm định trong các lĩnh vực tài nguyên nước, môi trường, địa chất khoáng sản, địa chất công trình, đo đạc bản đồ.
6. Thực hiện các hoạt động dịch vụ về quy hoạch tài nguyên nước, điều tra, đánh giá, thăm dò, xây dựng hệ thống cấp thoát nước, quan trắc và dự báo tài nguyên nước.
7. Tham gia hợp tác quốc tế về tài nguyên nước và các dịch vụ khác liên quan đến tài nguyên nước theo quy định của pháp luật.
8. Thực hiện công tác lấy, bảo quản và phân tích các loại mẫu nước, đất, đá, không khí theo quy trình, quy phạm kỹ thuật, bảo đảm chất lượng; lưu giữ các kết quả phân tích mẫu theo quy định.
9. Ứng dụng các thành tựu về khoa học công nghệ và công nghệ thông tin vào quản lý, khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước; vào công tác phân tích, thí nghiệm các loại mẫu.
10. Thực hiện công tác kiểm định thiết bị thí nghiệm và quy trình quản lý chất lượng phòng Thí nghiệm theo quy định hiện hành (ISO, LAS....).
11. Báo cáo định kỳ, đột xuất tình hình thực hiện nhiệm vụ được giao.