1. Văn phòng.
2. Phòng Kế hoạch - Tài chính.
3. Phòng Quy hoạch tài nguyên nước.
4. Phòng Điều tra tài nguyên nước.
5. Trung tâm Công nghệ và Phân tích - Thí nghiệm tài nguyên nước miền Trung.
6. Đoàn Quan trắc tài nguyên nước miền Trung (trụ sở tại thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa).
7. Đoàn tài nguyên nước duyên hải miền Trung (trụ sở tại phường 9, thành phố Tuy Hòa, tỉnh Phú Yên).
8. Đoàn tài nguyên nước Bắc Tây Nguyên (trụ sở tại thành phố Pleiku, tỉnh Gia Lai).
9. Đoàn tài nguyên nước Trung Tây Nguyên (trụ sở tại thành phố Buôn Ma Thuột, tỉnh Đăk Lăk).
Đoàn tài nguyên nước Bắc tây Nguyên chi nhánh Bảo Lộc (trụ sở tại số 95 Phan Đình Phùng, Tp.Bảo Lộc, tỉnh lâm Đồng).